Η Ελληνική Ενδοκρινολογική Εταιρεία ιδρύθηκε στις 16/12/1964. Ιδρυτικά μέλη ήσαν 8 Ενδοκρινολόγοι:

Με την 2801/17 Φεβρουαρίου 1965 απόφαση του Πρωτοδικείου Αθηνών αναγνωρίζεται η ίδρυση της Ενδοκρινολογικής Εταιρείας και εγκρίνεται το καταστατικό της.

Πρώτη Πρόεδρος η κα. Ελένη Θωμοπούλου.

Σήμα της εταιρείας το γυροσκόπιο.

Στα τέλη του 1964, η Ενδοκρινολογία αναγνωρίζεται επίσημα σαν ειδικότητα.

Το 1970 υπάρχουν στην Ελλάδα 18 Ενδοκρινολόγοι.

Το 1974 οργανώνεται το 1ο Πανελλήνιο Συνέδριο Ενδοκρινολογίας.

Στα τέλη του 1979, οι Ενδοκρινολόγοι, μέλη της εταιρείας ανέρχονται στους 130.

Η τρίτη δεκαετία 1980-1990 αποτελεί για την Ενδοκρινολογική Εταιρεία τη περίοδο της μεγάλης ανάπτυξης. Σε όλα τα Πανεπιστήμιακά και κρατικά αλλά και ιδιωτικά ιδρύματα, ιδρύθηκαν ενδοκρινολογικές μονάδες. Τότε αρχίζουν να εγκαθίστανται και ιδιώτες Ενδοκρινολόγοι.

Ενδοκρινολογικές μονάδες δεν υπάρχουν μόνο στην Αθήνα, στη Θεσσαλονίκη, στην Πάτρα, στην Κρήτη αλλά και μικρότερες πόλεις σε όλη την Ελλάδα. Σε αυτή τη δεκαετία τα μέλη της ΕΕΕ ανέρχονται στα 350.

Η δημιουργία των επιστημονικών τμημάτων συνεισέφερε στη συστηματική ενασχόληση με όλους τους τομείς της Ενδοκρινολογίας και δίνει τη δυνατότητα σε συναδέλφους και άλλων ειδικοτήτων να συμμετέχουν στο ερευνητικό και επιστημονικό έργο της ΕΕΕ.

Η επιστημονική δραστηριότητα της ΕΕΕ συνεχίστηκε και εντάθηκε τα τελευταία χρόνια με τη διοργάνωση Συνεδρίων , ημερίδων και άλλων επιστημονικών εκδηλώσεων στην Αθήνα αλλά και σε άλλες πόλεις όλης της χώρας.

Το 2020 τα μέλη της ΕΕΕ ανέρχονται στα 1079.